Debe fijarse en la pestaña "Código" del diseñador, allí verá que se manipulan algunos datos, si elimina dichos campos del documento también se han de eliminar del código. Ejemplo:
Si quiere eliminar la segunda base imponible de una factura, primero ha de seleccionarla en el diseñador y fijarse en el nombre que tiene dicho campo:
Ahora sabemos que se llama "base2". Entonces vamos al código:
Buscamos las líneas donde aparece ese campo y las modificamos. Este es el punto complicado, porque a veces simplemente habrá que eliminar dichas líneas, pero otras habrá que modificar el código para quitar dicho campo del proceso que se esté haciendo. En este caso, eliminamos las dos líneas:
Otra opción que tienes, en lugar de eliminar dichos campos, es hacer que no se muestren. Para ello seleccionas el campo que quieres y en sus propiedades buscas "Visible" y la pones a False:

